宏基因组二代测序在肺结核诊断中的应用.pdf
《宏基因组二代测序在肺结核诊断中的应用.pdf》由会员分享,可在线阅读,更多相关《宏基因组二代测序在肺结核诊断中的应用.pdf(5页珍藏版)》请在文库网上搜索。
1、宏基因组二代测序在肺结核诊断中的应用唐小莉 戴广川 高卫卫 陈珊珊 曾谊 【摘要】目的 探索宏基因组二代测序()在肺结核诊断中的实际临床应用价值 方法 对 例疑似肺结核患者支气管肺泡灌洗液()样本行、涂片、培养、比较 结果 与涂片、培养的诊断敏感度存在显著性差异(均 )与 之间无显著性差异()和 联合诊断敏感度明显提高()同时在筛查肺结核是否复发时诊断效率更高()结论 检测手段明显提高肺结核的诊断效能值得推广应用【关键词】宏基因组二代测序肺结核早期诊断复诊 【】().().().().().【】:./.作者单位:江苏 南京南京市第二医院结核科通信作者:曾谊:.目前我国每年新发肺结核患者约 万例
2、结核病仍是我国传染病死亡主要原因及早诊断、及时治愈是消除传染源、控制结核病流行及降低死亡率的最重要措施 目前的病原学诊断工具包括抗酸杆菌涂片、微生物培养、/()、全基因组测序等分子检测 是一种新型、快速、简单、方便的临床感染性疾病鉴定的检测方法只需一次运行即可无偏倚地获得所有获得微生物核酸片段的序列信息通过分析和比较可鉴定所有微生物物种 在这项研究中我们回顾性分析 例疑似肺结核患者 的传统病原体检测方法与 结果并进行对比评估 在肺结核诊断中的临床价值资料与方法一、一般资料收集 年 月至 年 月在南京市第二医院收治的 例疑似肺结核患者从每位患者的 中取样分别送检(诺因生物南京)、涂片、培养、参照
3、 肺结核诊断()以确定最终临床诊断包括临床诊断肺结核和确诊肺结核二、纳入及排除标准纳入标准:()门诊经痰涂片初步筛查为阴性的疑似肺结核患者()临床资料完整无缺失()临床样本和检测过程通过 的质量控制排除标准:()临床和实验室资料不完整()诊断不明确()临床样本未通过 质量控制()样品泄漏和污染本研究所有患者均已获得知情同意书并通过南京市第二医院伦理委员会审批()临床肺科杂志 年 月 第 卷第 期三、方法 标本采集:纳入患者的 常规检测方法:涂片按照结核分枝杆菌药物敏感性试验标准化操作程序及质量保证手册 进行 培养采用 分枝杆菌快速培养法 按照利福平耐药实时荧光定量核酸扩增检测系统仪器使用说明书
4、进行操作(美国 公司)检测结果自动判读 :根据标准程序采集纳入患者的 储存无菌冻存管中 小时内进行检测 样本按照 ()试剂盒步骤提取 处理产生 片段通过 扩增和环化反应产生单链环来构建文库 用于质量控制通过 平台对质量确认的文库进行测序排除人源序列后的其余数据与 建立的基于(/)的微生物参考数据库对比进行高级数据分析 本研究使用的参考数据库包含 种细菌、种病毒、种真菌和 种寄生虫 结核分枝杆菌()阳性 结果的阈值标准:是一种胞内分枝杆菌病原体核酸提取困难且 污染可能性小因此当至少 个读数被映射到种水平时 被认为是阳性四、统计学分析非正态分布的连续变量表示为中位数(四分位数间距)正态分布的连续变
5、量表示为均值(标准差)分类变量表示为()组间差异采用 检验、卡方检验或 精确检验 以临床最终诊断为参考标准建立 列联表以确定敏感度、特异度、阳性预测值()和阴性预测值()结果以 置信区间()表示 与其他检测方法的敏感差异性用 检验使用 软件、软件和 软件进行数据分析 )二、不同检测手段在肺结核诊断中的效能在 例肺结核患者中 共检出 阳性 例 与涂片、培养、检出均阳性的病例仅 例 与涂片均阳性为 例、与培养均阳性为 例、与 均阳性为 例仅 阳性为 例仅涂片阳性为 例仅 阳性为 例 诊 断 肺 结 核 的 敏 感 度 和 特 异 度 分 别 为()和 ()和 分别为 ()和 ()涂 片 法 的 敏
6、 感 度 和 特 异 度 分 别 为()和()培养法的敏感度和特异度分别为()和 ()的敏感度和特异度分别为()和()本组研究结果示 敏感度略低于 两者之间无显著性差异()与涂片和培养相比 的敏感度分别增加()()其 值均 两者之间存在显著性差异 将 和 两种快速诊断方法结合起来发现可有效提高肺结核检测的敏感度其敏感度可达 ()联合诊断效能优于四种方法中的任何一种(表)三、不同检测手段在肺结核复诊患者中的诊断效能将所有纳入的 例疑似肺结核病患者根据有无抗结核治疗史分为初诊病例和复诊病例两组 与初诊病例相比 复诊病例组的涂片()和()检 测 敏 感 度 提 高 培 养()和()检测敏感度降低但均
7、无显著性差异 其临床肺科杂志 年 月 第 卷第 期表 与涂片法、培养、在肺结核诊断中的比较()诊断方法敏感度()特异度()阳性预测值()()阴性预测值()()涂片法.(.).(.).(.).(.)培养法.(.).(.).(.).(.).(.).(.).(.).(.).(.).(.).(.).(.).(.).(.).(.).(.)注:与 组相比差异有统计学意义()复诊病例中 的敏感度为 涂片的敏感度为 培养的敏感度为 的敏感 度 为 与 涂 片()、培养()、()之间的敏感度对比均有显著性差异(表)表 与涂片、培养、在初诊与复诊病例中的敏感度比较()诊断方法初诊病例()复诊病例()值涂片(.)(
8、.).培养(.)(.).(.)(.).(.)(.).注:与 组相比差异有统计学意义(个月的患者中 的敏感度为 涂片的敏感度为 培养的敏感度为 的敏感度为 涂片、培养、的联合诊断敏感度为 敏感度与涂 片()、培 养()、()的 值均 个月的患者中 与其他病原体混合感染占比 (/)非结核感染患者占比 (/)均检出非结核感染患者的致病菌涂片与 均未检出培养仅检出 例(表)表 与涂片、培养、在不同抗结核治疗时间复诊病例中的敏感度比较()诊断方法抗结核治疗时间 个月()抗结核治疗时间 个月()值涂片(.)(.).培养(.)(.).(.)(.).(.)(.).涂片 培养 (.)(.).注:与 组相比差异有
- 1.请仔细阅读文档,确保文档完整性,对于不预览、不比对内容而直接下载带来的问题本站不予受理。
- 2.下载的文档,不会出现我们的网址水印。
- 3、该文档所得收入(下载+内容+预览)归上传者、原创作者;如果您是本文档原作者,请点此认领!既往收益都归您。
下载文档到电脑,查找使用更方便
10 文币 0人已下载
下载 | 加入VIP,免费下载 |
- 配套讲稿:
如PPT文件的首页显示word图标,表示该PPT已包含配套word讲稿。双击word图标可打开word文档。
- 特殊限制:
部分文档作品中含有的国旗、国徽等图片,仅作为作品整体效果示例展示,禁止商用。设计者仅对作品中独创性部分享有著作权。
- 关 键 词:
- 宏基 二代 肺结核 诊断 中的 应用