多发性骨髓瘤环状RNA的差异表达情况及生物学功能研究.pdf
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1、基础研究基金项目:国家自然科学基金(编号:)作者单位:北京大学第三医院血液科(北京)作者简介:王艳芳女()博士副研究员从事血液肿瘤遗传学及发病机制研究通信作者:景红梅 :.多发性骨髓瘤环状 的差异表达情况及生物学功能研究王艳芳 张朕豪 王化 郤连永 董菲 景红梅【摘要】目的 研究多发性骨髓瘤()中环状()的差异表达情况并对其生物学功能进行预测 方法 收集 年 月 月在北京大学第三医院血液科就诊的 例 患者和同期 例健康志愿者的骨髓样本进行转录组测序确定 中差异表达的 对 的 结合位点进行预测对差异 进行 和 富集分析利用实时荧光定量()对部分 进行验证 结果 在 和正常对照骨髓样本中发现 个差
2、异表达 其中上调的 个下调的 个 这些差异 具有大量的 结合位点如 、等 分析显示这些差异 主要参与细胞的蛋白质代谢、有机物代谢、含氮化合物代谢等生物代谢过程 分析显示、等信号通路明显富集 通过 实验对表达显著上调的 个 进行验证发现 和 明显上调与测序结果一致 结论 患者具有独特的 表达谱对其进行深入的功能和机制研究有助于为 的诊断和治疗提供潜在的分子标志物【关键词】多发性骨髓瘤环状 生物信息学分析信号通路【中图分类号】.【文献标识码】:./.【】()().().【】多发性骨髓瘤()是一种以骨髓中克隆性浆细胞异常增殖为特征的血液系统恶性肿瘤多见于 岁的老年人男性患者多于女性(.)发病率约占全
3、部血液肿瘤的 患者的临床表现及预后结局通常表现出明显的异质性这可能与肿瘤细胞具有复杂的实用肿瘤学杂志 年第 卷第 期总第 期细胞和分子遗传学异常有一定关系 尽管各种新药以及自体造血干细胞移植的应用在一定程度上改善了患者的整体存活但目前为止 仍然是一种不能治愈的疾病还需要进一步探索 的发病机制寻找新型的治疗靶点环状()是一类具有闭合环状结构的内源性非编码 分子与线性 不同 缺少 帽子结构和()结构对 外切核酸酶不敏感因此较线性 表达更稳定且不易降解 分子富含 结合位点在细胞中可以起到 海绵作用通过这种竞争性内源 机制解除 对其靶基因的抑制作用提高靶基因的表达水平 研究表明 与正常细胞的发育分化、
4、损伤修复以及多种肿瘤的发生发展密切相关 目前 在 中的表达及作用尚未明确本研究通过全转录组测序对 患者 进行了筛选并进一步建立了 调控网络同时对差异 进行了 和 富集分析从而为后续的功能和分子机制研究提供了潜在的靶点 材料与方法.病例来源选取 年 月在北京大学第三医院血液科就诊的初诊 患者 例要求骨髓涂片中原始和幼稚浆细胞比例均未接受过任何化学药物治疗排除合并其他肿瘤或自身免疫性疾病的患者 诊断参照张之南主编的血液病诊断及疗效标准其中男 例女 例中位年龄()岁另选取 例健康志愿者作对照 该研究经北京大学第三医院医学科学研究伦理委员会批准(审批号:)所有研究者在骨髓采样前均签署了知情同意书.提取
5、及文库构建抽取骨髓 按照 试剂(美国)说明书提取骨髓样本总 利用 试剂盒(美国)构建文库将 探针与 样本杂交以去除样本中的 用 将样本中的线性 去除接着将 片段化合成 双链并进行末端修复、尾添加、连接接头、连接产物纯化和分选、文库扩增等步骤将扩增产物用磁珠纯化回收即得到 文库.上机测序及 分析利用 (美国)平台进行测序获得可供分析的有效数据并与参考基因组进行比对用于后续 分析利用 软件鉴定 对样本中已知和新的 进行表达量的统计将 组和对照组的测序数据()进行比对利用差异倍数().和多重假设检验校正 值.作为筛选依据筛选出 组中差异表达显著的 根据差异 与其来源基因间的对应关系对其进行富集分析包
6、括 分析和 分析 分析主要从生物学过程()、细胞组分()和分子功能()三个方面对来源基因进行注释 分析主要是对 来源基因参与的生化代谢途径和信号转导途径进行分析 另外利用 软件对差异表达 可能的 结合位点进行预测并构建 调控网络 以上测序以及数据分析由北京阅微基因技术有限公司完成.差异表达 的验证表达上调的 便于进行后续的功能和机制研究因此我们选择表达上调最明显的 个差异 进行实时荧光定量()验证同时为了避免性别干扰排除了 染色体上的 从 例 患者和 例正常对照的骨髓样本中提取总随后逆转录成 利用 ()(美国)试剂盒进行 扩增使用 作为内参基因 采用 法对基因的相对表达量进行计算.统计分析采用
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