《实用生物信息技术》课程教学实例.doc
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1、有用生物信息技术课程教学实例 有用生物信息技术课程教学实例以下四题,可按照本人课题实际情况,选择其中一道或两道1. 豌豆开花后特异表达基因及其编码内膜蛋白PPF11) 参阅文献(Zhu et al., 1998),及PubMed数据库中豌豆开花后特异表达基因PPF1相关研究论文,简述PPF1序列特征、表达特异性,以及可能的生物学功能。2) 检索UniProt数据库中豌豆内膜蛋白PPF1,总结该序列条目的一般注释信息、序列注释信息、数据库穿插链接。3) 找出拟南芥中PPF1同源蛋白ALB3,通过数据库穿插链接,阅读其编码基因在拟南芥资源库AraPort和TAIR中的注释信息,说明基因组定位、基因
2、构造、可变剪接方式、表达特异性、突变体,及其所编码的蛋白质的功能、亚细胞定位、组织特异性、互作蛋白、构造域特征,以及相关的文献资源。4) 利用读码框分析程序,分析并提取PPF1全长mRNA序列中编码区核苷酸序列和所编码的氨基酸序列。5) 利用密码子统计程序,分析豌豆PPF1和拟南芥中同源基因ALB3密码子使用特征; 利用内切酶分析程序,分析豌豆PPF1基因的酶切位点;利用引物程序,设计 PPF1基因mRNA序列的引物。6) 利用ProtScale蛋白质序列特征波形图显示工具,分析PPF1不同区域疏水和亲水、柔性和刚性、溶剂可及性、空间位阻、二级构造等序列特征。7) 利用多种跨膜螺旋预测程序,预
3、测PPF1跨膜螺旋,并比拟预测结果的异同;利用alpha-螺旋轮显示程序,绘制跨膜螺旋的螺旋轮,说明跨膜区的序列特征 。8) 利用PredicProtein蛋白质构造和功能预测网站,预测PPF1二级构造、无规卷曲、溶剂可及性、亚细胞定位、突变位点敏感性。9) 利用Phyre2网站,预测拟南芥PPF1三维空间构造,并用Run Investigator工具分析预测结果,与所用模板进展序列和构造比对。10) 通过以上PPF1及其同源蛋白ALB3实例,说明核酸和蛋白质序列分析思路和方法,以及分析结果对下一步实验研究的作用。2. 河豚鱼基因组序列片段和多药耐药基因分析1) 阅读刘勇博士摘要,简述研究目的
4、、方法和结果。阅读河豚鱼基因组测序打算相关论文,说明河豚鱼基因组特点。阅读Molecule of the Month有关多药耐药蛋白的文章,说明哺乳动物和细菌多药耐药蛋白的异同。2) 检索UniProt数据库中ABCB1基因家族,列表说明已通过人工批阅的序列条目;对上述序列进展多序列比对,说明比对结果。阅读人多药耐药基因蛋白质注释信息、文献报道和数据库穿插链接,说明其功能、亚细胞定位、组织特异性、互作蛋白、构造域特征,及其编码基因的基因构造、基因组定位、表达特异性、剪接变体等信息。3) 提取GenBank数据库中刘勇等提交的柯氏质粒河豚鱼基因序列片段全长序列,用点阵图方法确定其中是否包含重复片
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